Может ли строительная организация построить объект только по проектной документации? Деньги на стадию "Рабочая документация" заложены В ССР, но строительная организация не заказывала "рабочку" и построила по проекту. Их теперь интересует, куда распределить деньги!

Работа не выполнена, эта часть сметы не "закрывается", в актах КС 2 не указывается и не оплачивается заказчиком. Деньги можно "освоить" заключив доп. соглашение на внесение изменений в ПД при изготовлении ИД (исполнительной документации). Отклонения от ПД  наверняка имеются.